1. rész: Temetetlen múlt

Brennan még mindig bujkál a kis Christine-nel, mivel Pelant miatt gyilkossági gyanúsított. Booth egyre frusztráltabb a helyzet miatt, a Jefferson-intézet munkatársai pedig azon munkálkodnak, hogy elintézhessék Pelantet. Brennan segítségével titkos utakon kapcsolatba lépnek Angelával, aki elvezeti a csapatot Pelant egyik áldozatának csontvázához.

2. rész: Báránybőrben

Booth és Bones kapcsolata még nem a régi, és a háromhavi kényszerű távollét után egymás iránti bizalmukon is van mit javítani. Egy válóperes ügyvéd meggyilkolását kell felderíteniük, akit nem csak lehajítottak valahonnan, de le is szúrtak és el is égettek. A nyomozás során kiderül, hogy nem csak az ügyvéd volt könyörtelen.

3. rész: A zöldfülű

Hatalmas robbanás követel halálos áldozatot egy szálloda parkológarázsában. A Jefferson szakértői azonosítják az elhunytat, ám kínos meglepetésben lesz részük, amikor kiderül, hogy tévedtek, mert az áldozat valójában a halottnak vélt férfi ikertestvére. Booth irodai munkára kényszerül, hogy megindokolja a költségvetést, így helyette egy zöldfülű, de agilis, fiatal női ügynököt bíznak meg, hogy Sweets segítségére legyen a nyomozásban.

4. rész: Tiltott tigrisek

Egy országút menti árokban talált férfi maradványai alapján az FBI hamarosan rájön, hogy veszélyeztetett állatfajokkal való tiltott kereskedelem folyt a környéken, amelynek a meggyilkolt férfi tanúja lehetett. Brennan és Booth a nyomozás közben egymással is vitába kerülnek.

5. rész: Édes hármas

Egy szeméttárolóban borzalmasan megcsonkított női holttestet találnak. Kiderül, hogy a nő egy kézműves almaszósz-bolt társtulajdonosa volt, és prostituáltként tett szert némi mellékkeresetre. Így idővel egyre több a gyanúsított: a hentes, aki szerelmével üldözte, az orvos, aki kezelte, a nevelőapa, aki imádta. Eközben Booth felajánlja Sweets-nek, hogy költözzön hozzájuk pár napra, de az együttlakás nem zökkenőmentes.

6. rész: Hazafi és tisztítótűz

Brennan összehívja a gyakornokokat, hogy a csapatszellemen munkálkodva minél több maradványt azonosítsanak. Arostoo, aki nem a könnyebbik utat választja, megfogadja, hogy ha törik, ha szakad, azonosít egy hajléktalan férfit, aki a szeptember tizenegyediki terrortámadások idején halt meg. Azonban az azonosítás és a halál körülményeinek kiderítése váratlan akadályokba ütközik: a gyakornokoknak le kell számolniuk az egymással szembeni előítéleteikkel és az eset Brennant is önvizsgálatra készteti.

7. rész: A takarító

Egy szemétszállító hajó konténerének zsákjában furcsa emberi maradványokra bukkannak. Arastoo és Vaziri lelkesen nekilát az azonosításnak. Hamarosan kiderül, hogy a halott férfit többen is eltehették láb alól: az üzleti versenytársa, a felesége, a mostohafia és a szeretője is gyanús. Azonban igazából a halott munkája az, ami felkelti Bones figyelmét: a férfi gyilkosságok helyszínén dolgozott és bizonyítékok eltakarításával foglalkozott.

8. rész: Trükkös halál

A híres művész, Zed, munka közben leesik egy állványról és szerencsétlenségére ráesik egy több napja halott férfira. Az áldozat egy híres komikus, akit már 5 napja nem láttak a hozzátartozói. Brennan és Booth egyre több érdekességet talál az ügy kivizsgálása közben.

9. rész: A koponya szelleme

A csapatot ismételten gyilkosság helyszínére hívják, kiderül, hogy az áldozat egy tizenéves fiú. Az eset még Dr. Brennant is megérinti, hisz mióta anyává vákt, egyre inkább empatikusabb mások felé. A híres médium, Avalon megjelenik a laborban, szerinte a fiú lelke a Földön ragadt, mert befejezetlen ügye van még.

10. rész: Gyémánt a föld alatt

Egy elhagyatott bányában megkristályosodott női holttestet találnak. Kiderül, hogy az áldozat versenytáncos volt, partnerével egy neves tévéműsor előválogatóján szerepeltek volna. A partner, Kendrick azonban új társ után nézett. Brennan és Booth versenytáncosnak adják ki magukat, és jelentkeznek a meghallgatásra, hogy megtalálják a gyilkost.

11. rész: Régész a gubóban

Egy ejtőernyős az erdőben egy holttestet fedez fel, melyet a szövőlepke teljesen befont. Kiderül, hogy az áldozat a kalandvágyó, ámde kétes hírű régész, James Sutton. Sutton nemrég elvett egy orosz lányt, akivel az Államokba érkezett és magával hozott jó néhány csontleletet is, amikről Bones kideríti, hogy huszonötezer évesek. Megindul a nyomozás Sutton halála ügyében, és eközben versengés alakul ki Brennan és Clark között az ősrégi csontokat miatt.

12. rész: Anatómiai rejtvény

Amikor virágszirmokat és egy megnyúzott holttestet találnak a lakásukon, Angela és Hodgins biztos benne, hogy Christopher Pelant visszatért. Booth kideríti, hogy az áldozat, Xavier Freeman korábban a Különleges Erőknél szolgált. A nyomok egy Serberus nevű zsoldos szervezethez vezetnek. Brennan telefonon egy anatómiai rejtvényt kap Pelant-tól.

13. rész: Csavaros történet

Egy házaspár egy eltemetett női holttestre bukkan az erdőben. Hamarosan kiderül, hogy a sír egy másik holttestet is rejt, és a szálak egy különös temetkezési szokást magának valló temetkezési vállalat vezetőjéhez nyúlnak vissza. Sweets és a laborba visszatérő Daisy között eleinte feszült a viszony, majd egy beszélgetés során kimondják: mindketten eltűnődtek, vajon jól tették-e, hogy szakítottak. Bones és Booth eközben parázs vitát folytat a végrendeletükről.

14. rész: Booth titka

Két rendőr rábukkan egy alig pár órája borzalmas körülmények között megölt nő holttestére. Kiderül, hogy a nő, Melinda egy görkoris derbicsapat tagja volt, így Angela beépül a csapatba, hogy kiderítse, ki lehetett a gyilkos. Az Intézetben mindenkinek feltűnik Booth titokzatos viselkedése nem árulja el, hová megy el, aztán kiderül, hogy kórházban volt de Brennan nem mondhat többet a kollégáinak, mint azt, hogy Booth jól van. Cam a saját szakállára nyomozni kezd Booth titka után.

15. rész: Lövés a múltba

Booth és Brennan egy veszekedése után Brennan visszamegy a laborba dolgozni, ahol valaki rálő. Booth még épp időben érkezik, hogy értesítse a mentőket, de a műtőben így is kétszer leáll Brennan szíve. "Álmában" találkozik halott anyjával, azonban később az élmény valódiságát nem hajlandó elismerni. A csapat nyomozni kezd, hogy hátha a Brennan által épp vizsgált, hídról lezuhant férfi holttestének köze lehet a gyilkossági kísérlethez. Sweets és Sparling több tanút is kihallgat, aki aznap este az épületben volt, de Sweets úgy érzi, mindenki gyanús. Eközben Booth-t marcangolja az önvád a veszekedés miatt…

16. rész: Barát a bajban

Egy bőröndbe csomagolva megtalálják a két hete eltűnt tizenöt éves kamaszfiú, Manny maradványait. Booth és Sweets kiderítik, hogy a fiú amolyan technikai zseni volt, mobiltelefonokkal is üzletelt. Egy bulin a halála előtt viszont összeverekedett valakivel gyerekkori barátja, Kat miatt. Cam lánya, Michelle titokban a városba érkezik, mert a barátjával, Finn-nel kettesben akarja tölteni a hétvégét, Cam tudta nélkül.

17. rész: Sekély sírhant

Egy botcsinálta földműves sekély sírhantban fekvő emberi maradványokra bukkan a földjén. Bones nagyon felháborodik, amikor új gyakornoka egészen különös kérdésekkel bombázza, majd idővel arra kényszeríti, hogy több mindent átgondoljon önmagával kapcsolatban. Az áldozat latin-amerikai fiatalember, akinek nehéz gyermekkora volt, mégis minden vágya az időutazás volt, hogy visszajusson a múltba és megakadályozza családja szétesését. Booth és Bones felkeresi a fizikaprofesszort, akinek a fiú a segédje volt, és akinek nem kevés titkolnivalója van.

18. rész: Túlélő a szappanban

Egy hordó szappan érkezik az Intézethez vizsgálatra, belemerevedett férfimaradványokkal. Az áldozat nyugat-afrikai fiatal férfi, Symchay, aki Sierra Leonéből menekült az Államokba, de úgy tűnik, a múltja itt is eléri. Booth megkeresi a férfi eltűnését bejelentő barátot, Brimát, aki illegálisan tartózkodik az országban. Cam és Arastoo viszonya egyre kevésbé tűri a munkahelyi kereteket.

19. rész: Túlélésből elégtelen

Szénné égett női holttestet találnak egy vidéki karámban. Az áldozat, Deanna az emberiség pusztulásának túlélésére szakosodott katonai csoport tagja volt. Hamarosan kiderül, hogy csak a csoport valamelyik tagja lehetett a tettes, azonban az egész társaság Deanna halálakor egy földalatti bunkerben tartózkodott. Angela és Hodgins gőzerővel dolgozik az ügyön, mégsem tudnak rájönni, hogy miként jutott ki a gyilkos a bunkerből. Úgy tűnik, Sweets végre elköltözik a házból, azonban ez a vártnál jobban megviseli Bones-t és Booth-t.

20. rész: Véres gyémántok

Több napja megölt férfi holttestére bukkannak egy autóban. Kiderül, hogy az illető, Reuben álruhás rendőr, aki egy bűnöző-párosnak volt a nyomában, akik bank-automatákat rabolnak ki a városban. Azonban senki nem számít arra, hogy Reuben gyomrában nagy értékű gyémántokat találnak. Booth-nak egyre gyanúsabb Reuben felettese, Dinco parancsnok viselkedése.

21. rész: Benne a szószban

Egy elhagyatott házban az egyik show-műsor munkatársának, Rebecca Pierce-nek a holttestére bukkannak. Hamarosan több gyanúsított is akad: a bírónő, aki összeveszett Rebeccával, mert kitiltotta az alkoholt a forgatásról, a lány, aki elfoglalta a helyét, a volt barát, akivel nemrég szakított. Bones nem hajlandó beletörődni abba, hogy lehet, hogy Christine teljesen átlagos gyermek.

22. rész: Édesek és mostohák

Egy építkezés során egy férfi holttestet találnak. Az áldozatról, Jackről hamarosan akiről kiderül, hogy jól jövedelmező bróker-állása mellett sztriptíz-táncosként is dolgozott. Booth-t nagy meglepetés éri, amikor felbukkan 24 éve nem látott anyja a férfi meghívja, hogy lakjon náluk, amíg a városban van. Hodgins kideríti, hogy Jack-nek volt komoly barátnője, egy nagyon gazdag örökösnő, akivel nagyon zaklatott volt a kapcsolata, emellett a céges ügyei sem voltak makulátlanok. Booth megtudja, hogy anyja férjhez akar menni.

23. rész: Vírus

A jelek szerint gyilkos vírus ölte meg a fiatal nőt, akinek a maradványait egy hulladékégetőben fedezték fel. A járványügytől Dr. Jacobs is csatlakozik a Jefferson csapatához, hogy kiderítse, milyen vírussal állnak szemben. Az áldozat, Mia Carr oknyomozó blogger volt, aki orvosi visszaélések után kutatott a barátjával, Bennel, akivel nem volt felhőtlen a kapcsolata. Mia legutóbb a zseniális professzorral, dr. Tessa Burke-kel dolgozott, akit viszont előző munkahelyéről kirúgtak, mert állítólag ellopott valamit a laborból. Arastoo véletlenül megfertőződik a vírussal, így még fontosabb, hogy mielőbb megtalálják Mia gyilkosát.

24. rész: Végső célpont

Az őrült és zseniális Christopher Pelant visszatért egy parkban nyugdíjazott FBI-ügynök holttestére bukkannak, és a gyilkos által hátrahagyott nyomok alapján Sweets hamarosan rájön, hogy Pelant áll az ügy mögött. Brennan végre rászánja magát és megkéri Booth-t, hogy legyen a férje, aki boldogan beleegyezik. Hamarosan újabb ügynököt ölnek meg és Sweets rádöbben, hogy Pelant az ő cikkeiből mazsolázva állítja össze a gyilkosságok helyszíneit, ráadásul bérencekkel dolgozik együtt. Booth kideríti, hogy a két halott ügynököt összekötő, tíz évvel ezelőtti ellentmondásos ügy végső célpontja talán saját maga lehet.